Het Steunpuntenprogramma werd in 2001 opgestart om het beleid van de Vlaamse overheid wetenschappelijk te ondersteunen, zodat er snel en proactief kon worden ingespeeld op maatschappelijke ontwikkelingen en uitdagingen. In plaats van een fragmentarische, projectmatige aanpak gaat het Programma voor een thematische aanpak met een structurele financiering.

De voornaamste taak van de steunpunten bestaat uit: 

• wetenschappelijk onderzoek rond thema's die de Vlaamse overheid als prioritair en relevant beschouwt voor beleidsvoorbereiding en beleidsevaluatie
• kennisoverdracht
• opbouwen van gegevensverzamelingen
• uitvoeren van gegevensanalyses

Vóór 2001 werd het beleidsrelevant onderzoek uitgevoerd binnen het Programma Beleidsgericht Onderzoek (PBO). De eerste generatie van het steunpuntenprogramma liep voor de periode 2001-2006, de tweede generatie voor de periode 2007-2011.

Met het oog op het aflopen van de tweede generatie van het Programma Steunpunten voor Beleidsrelevant Onderzoek, eind 2011, bereidde de Viceminister-president van de Vlaamse Regering en Vlaams minister van Innovatie, Overheidsinvesteringen, Media en Armoedebestrijding in opdracht van de Vlaamse Regering de opstart van een derde generatie van het Steunpuntenprogramma (2012-2015) voor. Deze derde Steunpuntengeneratie ging op 1 januari 2012 van start. De erkenningstermijn loopt af op 31 december 2015.

Het nieuwe steunpuntenprogramma houdt vast aan de basisprincipes van de eerdere generaties van dit in 2001 opgestarte initiatief en worden er tegelijk lessen getrokken uit de evaluatie van het programma.